Цветет в июне-июле месяца, но это явления довольно редко можно увидеть, цветки имеют зеленовато-желтый цвет.

Также редко можно встретить плоды аира болотного. Растение, а в особенности корневище имеет  сильный запах. Иногда при сборе люди путают аир болотный с ирисом болотным, но всегда нужно помнить, что ирис не имеет запаха в отличие от аира.

Сбор корневищ аира осуществляется в сентябре и октябре, когда уровень воды понижается.  Выкапывают с помощью лопат, граблей или вил. Они моются в холодной проточной воде, аккуратно удаляются тонкие корешки и корневище нарезают на куски размером 15-20 см.  повторная заготовка возможна лишь через 5-8 лет.

Растение обладает успокайвающим, обезбаливающим, мочегонным, антисептическим действием, усиливает выделение желудочного сока и улучшает пищеварение, возбуждает аппетит. Вылеживаются несколько дней под навесом и ножом удаляется кора, укладывают слоем до 4-5 см на бумаге или ткани и продолжают сушить под навесом или на чердаке, можно применять сушилки ( сушка осуществляется при температуре 400С).

Готовое сырье хранят до 3 лет в упакованном виде. Оно состоит из кусков корневищ имеющих  длину 20 см и толщина 1-2 см. Им свойственен своеобразный, ароматический запах и желтовато-бурый цвет снаружи, а на изломе – белый и белорозовый с желтым оттенком,  имеет пряно-горький вкус.
Спиртовую настойку  аира применяют при цынге, гноящийся язве и при промывании ран, т.к. аир является прекрасном дезинфицирующем средством. Готовят настойку на спирту или крепкой водке.  Настойку используют для наружного применения, при этом берут 1:3 настойки к холодной кипяченой водой, и внутреннего употребления, при этом берут неразведенную настойку капают 10-30 капель на кусочек сахар или принимают с водой перед едой. При отсутствии настойки можно использовать отвар. Для этого берут 30 г корневища аира и заваривают в одном литре воды, посуда обязательно должна быть закрыта.

При болезнях желудочно-кишечного тракта, поноса, при болезни желчных путей, при камнях в почках применяют и отвар, и настойку.

Делят отвар из смеси равных частей аира и лопуха и при выпадении волос моют голову отваром 3 раза в неделю. Для лучшего эффекта можно добавлять несколько горстей шишек хмеля.
При плохом пищеварении делают следующий отвар: корневище аира – 15г, 2-3 стакана воды. Необходимо варить  15 минут  в посуде с прикрытой крышкой. Применять 3 стакана отвара в день. Применяют и мелкий порошок из аира при изжоге 3 раза в день на кончике ножа. Также порошок применяют для присыпок язв и ран. Отвар корня аира (30 г на 1 л воды) используют для сидячих ванн при болезнях половых органов.  Для лечения зубной боли берут пол-литра водки на 10г порошка, закупоривают бутылку и встряхивают, пробку обвязывают шпагатом. В стоячем состоянии обкладывают тестом и пекут, как хлеб.  Отвар держат на больном зубе.

Высушенные корневища аира можно использовать в качестве пряности. Из корневища и листьев отгоняют эфирное масло, которое употребляется для ароматизации ликеров, пива, компотов, кондитерских изделий.