Когда римские императоры приняли христианство, гонения на него начались в Персии. Часть христиан переселились на Восток. Например в 334 году в Мерве упоминается епископ христианин. В V веке персидские христиане приняли несторианство и порвали отношения с Римом и Константинополем. После этого христианство распространяется по Средней Азии. Распространением занимаются несториане, а также яковиты и православные сирийцы (мелькиты).
Митрополиты и епископы Мерва и Герата принимали участие в 410-671 годах в несторианских синодах. В VII века началось распространение христианства среди турок китайцев (камень, на котором была надпись на китайском и сирийском, дотирован 781 годом).
Народ кераитов в Монголии принял христианство в 1007 году. В XII веке учреждена митрополия в Кашгаре. Ей подчинялась южная часть Семиречья. Христианские кладбища, где найдены сирийские надписи (открыты в 1886 году в Семиречье около Токмака и Пишпека, а в 1902 – в Кульджинском крае) дотированы XIII-XIV веками. Имеются сведения, что в начале XII века не мало христиан было среди кочевых найманов (в западной части Монголии) и осёдлых уйгуров. Путешественник Рубрук в 1253 году писал о быте монгольских несториан.
В Европе слухами о распространение христианства на дальнем Востоке было вызвано суждение о том, что в нашествии на мусульманский мир в XII и XIII веках, было делом христиан. Получила распространение легенда «о священнике Иоанне», который соединил в себе будто бы достоинства царя и первосвященника. Кераиты, найманы и уйгуры, исповедовавшие христианство, имели существенное влияние при дворе Чингисхана. Приемники Чингисхана в Китае, Средней Азии и Персии также подвергались влиянию христиан.
В XIV веке католическая церковь вступает в борьбу с несторианством. В Пекине, Алмалыке и Самарканде образуются католические епархии.
Развивается торговля. В Среднюю Азию проникают христиане других исповеданий. Например, в армянском монастыре на берегу озера Иссык-Куль показывались мощи святого апостола Матфея.
ИСЧЕЗНОВЕНИЕ ХРИСТИАНСТВА В СРЕДНЕЙ АЗИИ
На протяжении XIV века большого распространения достигают буддизм и ислам. Эти религии вытесняют несториан и остальные христианские течения, распространяемые миссионерами. Вытеснение проходило не всегда мирным, естественным путём – в 1338 году упоминаются кровавые гонения на христиан в Семиречье и Кульджинском крае. Оно продолжалось недолго.
Существуют неподтверждённые письменно предания о насильственном истреблении оставшихся христиан Тимуром. Христианство исчезает также из-за прекращения отношений с христианскими странами. Они исчезают бесследно. К следам христиан относится алфавит, перенятый у сирийцев уйгурами. Позже он перешёл к монголам и маньчжурам. Археологам остались культурные слои.